柱溫是高效液相色譜儀的重要參數，精確控制柱溫可提高保留時間的重現性。一般情況下，較高柱溫能增加樣品在流動相中的溶解度，縮短分析時間。升高柱溫能增加柱效，提高分離效率。通常柱溫升高6℃，組分保留時間減少約30%。分析高分子化合物或粘度大的樣品時，柱溫必須高于室溫。分析具有生物活性的生物分子時，柱溫應低于室溫。高效液相色譜儀常用柱溫范圍一般為室溫至60℃。

   

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